Dan, un journaliste vedette de la télévision française désespérément à la recherche d'une primeur, est envoyé par sa patronne en Palombie, un pays d'Amérique latine où il avait autrefois réalisé son premier reportage percutant. Pablito, un vétérinaire malhonnête, lui sert de guide. Tandis que les deux hommes s'enfoncent dans la jungle à la recherche de la mystérieuse tribu Paya, Hermoso, un vieux botaniste, flaire la piste du Marsupilami, un petit animal d'une grande dextérité qui recueille une plante rare aux vertus rajeunissantes. Ayant retrouvé ses trente ans grâce à celle-ci, le scientifique forme le projet de capturer le Marsupilami et de renverser le dictateur de la Palombie. Dan et Pablito unissent leurs efforts pour contrecarrer ses projets.